Der Vorstand der Bürgerstiftung Werra-Meißner besteht laut Verfassung aus 3-5 Personen. Der erste Vorstand wurde im Mai 2004 durch die Gründungsversammlung gewählt. Der amtierende Vorstand wurde durch den Stiftungsrat in seiner Sitzung vom September 2021 neu gewählt. Die Amtszeit beträgt jeweils vier Jahre.
Der Vorstand führt die Stiftung und ist für die Erfüllung des Stiftungszwecks verantwortlich. Ihm obliegt die ordnungsgemäße Bewirtschaftung des Stiftungsvermögens und alle damit verbundenen planenden und verwaltenden Aktivitäten wie Wirtschaftspläne, Jahresabschlüsse u.a. Er entscheidet über die Vergabe von Mitteln zur Förderung gemeinnütziger Projekte im Kreis. Über die Erfüllung seiner Aufgaben hat er im Stiftungsrat und Stifterforum Rechenschaft abzulegen. Der Vorstand kommt etwa 8-10mal pro Jahr zu Sitzungen zusammen.