Die Beteiligung möglichste vieler Bürgerinnen und Bürger gehört zu den Merkmalen und dem Charakter einer Bürgerstiftung. Dies findet sich auch in ihrem organisatorischen Aufbau wieder, in dem Grundsätze einer demokratischen Mitbestimmung verankert sind. Entsprechend verfügt die Bürgerstiftung Werra-Meißner mit Stifterforum, Stiftungsrat und Vorstand über einen dreigliedrigen Aufbau mit entsprechenden Rechten und Pflichten. Alle Mitglieder der Stiftungsorgane üben ihre Tätigkeit rein ehrenamtlich aus.